El 1 de septiembre de 1939 Hitler ataca Polonia. Desde la invasión de Austria y Checoslovaquia, los preparativos de guerra eran cada vez más evidentes. En el fondo, todos sus adversarios albergaban la esperanza de que la guerra provocara la crisis del régimen nacionalsocialista y, como consecuencia, favoreciera un posible golpe de Estado. Sin embargo, ocurre justamente lo contrario. Tras su campaña triunfante contra Francia, Hitler fue aclamado como "el mejor generalísimo de todos los tiempos". El régimen parece más inatacable que nunca. Los adversarios tienen que reconocer que la mayoría de los alemanes aplauden el éxito de la guerra, sin preguntarse por las consecuencias.
En mayo de 1939, Bonhoeffer es llamado a filas. La situación cada vez más difícil de la Iglesia Confesional, así como el inminente cierre de los centros de predicadores en Pomerania, enfrentan a Bonhoeffer a una situación completamente diferente. Piensa en emigrar. Algunos amigos suyos de Nueva York le reclaman para impartir clases en el Seminario Union Theological. Así consigue una prórroga y Bonhoeffer viaja a Estados Unidos.
Tras una dura lucha interior, cinco semanas después, Bonhoeffer, ante la amenaza de guerra, decide volver a Alemania: Vuelve con el propósito de apoyar activamente a la resistencia política. Quiere colaborar, obstruyendo la "rueda de la maquinaria opresora y mortal".
Dietrich Bonhoeffer, al igual que muchos de sus familiares, está convencido de que la resistencia sólo podrá tener éxito si logran ganar para su causa a algún alto cargo del ejército. Por mediación de su cuñado Hans von Dohnanyi, que trabaja de informante político en el departamento de "Países Extranjeros/Defensa" del Alto Mando de la Wehrmacht (= el ejército del Tercer Reich), a cargo del almirante Wilhelm Canaris y del coronel Hans Oster, Bonhoeffer entrará a formar parte del mismo en calidad de colaborador civil. Oficialmente se ocupa de cometidos militares, pero en realidad conspira contra el régimen nacionalsocialista, para la resistencia en torno al general Ludwig Beck, Canaris, Oster y von Dohnanyi.
Apoyado por el departamento de Defensa, Bonhoeffer realiza varios viajes al extranjero - a Ginebra, Suecia, Noruega y Roma - para sondear, a través de sus contactos ecuménicos, las posibilidades y condiciones de paz con los Aliados. Asimismo participa en los preparativos del "Proyecto 7", que se ocupará de sacar del país a los judíos en peligro. Su oficina se encuentra en Munich, y durante sus estancias "oficiales" allí, suele retirarse al monasterio de Ettal, donde redacta varias partes de su "Ética", en el invierno de 1940/41.
