Dietrich es el sexto de ocho hermanos. Su padre, Karl Bonhoeffer, ocupa la cátedra de psiquiatría y neurología en Breslau. Procede de una familia de orfebres, clérigos, médicos y regidores, asentada en Schwäbisch Hall desde el siglo XVI. Dietrich apreciaba mucho a su abuela, Julie Bonhoeffer, por su carácter directo y decidido. El 1 de abril de 1933, a sus 91 años, incluso se atrevió a ignorar con mucho valor la cadena de vigilantes de la SA, que quería impedir que la gente entrase a comprar en una tienda judía.
La madre de Dietrich Bonhoeffer, Paula, desciende de una familia de nobles, los von Hase. Su padre era catedrático de teología, además de ejercer a veces de predicador de la corte del emperador Guillermo II. La familia de su madre destaca por sus dotes musicales y artísticas. Seguro que Dietrich heredó de la familia materna su afición por la música.
La familia, en la que se forma el joven Bonhoeffer, pertenece a la élite cultural del Imperio alemán. Su madre, maestra de profesión, se hace cargo de la educación primaria de sus hijos, que hasta que inician sus estudios de bachillerato no acuden a la escuela pública. Una familia en la que impera la tolerancia, aunque se sigue manteniendo la estructura patriarcal. A sus hijos les inculcan el sentido de responsabilidad y la autodisciplina, a la vez que un sentimiento solidario y una mente abierta.