La resistencia, con la que colabora Bonhoeffer, ya es activa desde antes de la Segunda Guerra Mundial. Mantiene estrechos contactos con Carl Friedrich Goerdeler y otros oponentes alemanes. Inicialmente habían ideado la detención y condena de Hitler, planes que no se pueden llevar a cabo. Los triunfos militares de los primeros años de la guerra tampoco hacen factible un golpe de estado. Precisamente debido a la lealtad inquebrantable de grandes partes de la población y del ejército hacia Hitler, surge el plan de matar a Hitler, con la intención de desarticular así el poderoso aparato nacionalsocialista. Sin embargo, todos los atentados contra Hitler fracasan.
En marzo de 1943, y tras dos atentados frustrados, en los que estaba involucrado el grupo en torno a Canaris, Bonhoeffer es detenido, el 5 de abril de 1943, en casa de sus padres en Berlín. Al mismo tiempo la Gestapo detiene a su cuñado Hans von Dohnanyi y a su hermana Christine, esposa de von Dohnanyi. Bonhoeffer es internado en la prisión militar de Tegel. Los primeros días la impotencia, la soledad y el miedo a la tortura le mortifican.
Junto a von Dohnanyi y al Dr. Müller, otro de los colaboradores del Departamento de Defensa en Munich, Bonhoeffer será procesado por alta traición.
Sin embargo, las investigaciones llevadas a cabo por el Consejo Mayor del Tribunal de Guerra, Roeder, no dejan entrever ningún hecho que pueda justificar tal acusación. La familia y los amigos de Bonhoeffer, para ayudarle encubriendo los hechos reales, se esfuerzan en tejer una red de camuflaje, que se mantendrá intacta hasta el 20 de julio de 1944. La transmisión de noticias cifradas en cuanto a los contenidos de las declaraciones en los interrogatorios no falla en ningún momento. El proceso será aplazado.
