Ya desde el principio, los nacionalsocialistas han querido dejar muy claro que la lucha contra los judíos y el judaísmo es el punto central de su programa. El 1 de abril de 1933 se inicia el boicot contra las tiendas judías. La ley para "el restablecimiento del funcionariado profesional" priva de su puesto a muchos conciudadanos judíos. En septiembre de 1935, las "leyes raciales de Nuremberg" declaran a los judíos ciudadanos sin derechos. El rótulo "Absténganse judíos" se encuentra en cines y piscinas, restaurantes y universidades. Están prohibidos los "matrimonios mixtos", proscritas las relaciones amorosas entre "arios" y "judíos".
El 9 de noviembre de 1938 son devastados las sinagogas, las tiendas y los domicilios de los judíos. El pogromo, que los nacionalsocialistas denominan eufemísticamente "la noche de los cristales rotos", significa el comienzo de una avalancha de persecuciones; millones de judíos, conforme al decreto de "la solución final de la cuestión judía", acabarán en los campos de exterminio.
Pocos son los cristianos, en el Tercer Reich, que alzan su voz en contra de la discriminación y la persecución continuas de los judíos. Dietrich Bonhoeffer es uno de ellos. Retrospectivamente reconoce en ello el gran fracaso de la Iglesia, que sólo se había comprometido con la "cuestión judía" en la medida en que ésta afectaba a los asuntos internos de la Iglesia.
En el sínodo de Steglitz, y con respecto a las "leyes raciales de Nuremberg", la Iglesia Confesional se manifestó con poca determinación; con respecto al pogromo de noviembre ni siquiera llegó a manifestarse.
En abril de 1933, en una conferencia ante los pastores berlineses, Bonhoeffer ya había insistido en que la resistencia política se hacía imprescindible, como reacción a la privación de derechos que sufrían los judíos. Con fecha de 9 de noviembre de 1938, en su Biblia se encuentran subrayados dos versos de un Salmo, en los que se expresa toda su consternación en cuanto a la noche del pogromo: "Queman todas las casas de Dios en el país."
La discriminación de los "no-arios" por el régimen nacionalsocialista también afecta a la familia Bonhoeffer: Gerhard Leibholz, catedrático de Derecho Público en Gotinga y esposo de la hermana gemela de Dietrich, Sabine, es uno los proscritos. Acaba emigrando con su familia a Londres, al igual que el pastor Franz Hildebrandt, amigo de confianza de Bonhoeffer desde su etapa universitaria. Ya en 1933/34 y durante su estancia como pastor en Londres, Bonhoeffer llegó a conocer el destino de muchos de estos emigrantes judíos alemanes.
